Համաձայն «Հայաստանի Հանրապետության Կառավարության կառուցվածքում փոփոխություններ կատարելու մասին» ՀՀ Նախագահի 1999թ. հունիսի 15-ի թիվ 287 հրամանագրի, ՀՀ կառավարության կառուցվածքում ստեղծվեց ՀՀ պետական եկամուտների նախարարությունը: ՀՀ պետական եկամուտների նախարար նշանակվեց Սմբատ Ժիրայրի Այվազյանը:

ՀՀ Վարչապետի 1999թ. հուլիսի 15-ի թիվ 425 որոշումով հաստատվեցին «ՀՀ պետական եկամուտների նախարարության կանոնադրությունը» և «ՀՀ Պետական եկամուտների նախարարության կենտրոնական ապարատի կառուցվածքը»:

2000թ. մայիսի 20-ից ՀՀ պետական եկամուտների նախարար նշանակվեց Գագիկ Խաչատուրի Պողոսյանը (ՀՀ Նախագահի «ՀՀ կառավարության անդամներ նշանակելու մասին» 2000թ. մայիսի 20-ի թիվ 586 հրամանագիր):

2000թ. նոյեմբերի 6-ից ՀՀ պետական եկամուտների նախարար նշանակվեց Անդրանիկ Ենոքի Մանուկյանը (ՀՀ Նախագահի 2000թ. նոյեմբերի 6-ի թիվ 714 հրամանագիր):

Համաձայն «Հայաստանի Հանրապետության կառավարությանն առընթեր մաքսային պետական կոմիտե ստեղծելու մասին» ՀՀ կառավարության 2001թ. հուլիսի 6-ի թիվ 603 որոշման՝ ՀՀ պետական եկամուտների նախարարության կազմից առանձնացվեց մաքսային վարչությունն ու ստեղծվեց Հայաստանի Հանրապետության կառավարությանն առընթեր մաքսային պետական կոմիտեն:

2001թ. հուլիսի 6-ից ՀՀ Պետական եկամուտների նախարար նշանակվեց Երվանդ Վազգենի Զախարյանը (ՀՀ Նախագահի 2001թ. հուլիսի 6-ի թիվ 885 հրամանագիրը):

ՀՀ Վարչապետի 2001թ. հուլիսի 17-ի թիվ 535 որոշումով հաստատվեցին «ՀՀ պետական եկամուտների նախարարության կանոնադրությունը» և «ՀՀ պետական եկամուտների նախարարության կենտրոնական ապարատի կառուցվածքը»:

ՀՀ Նախագահի հրամանագրերով ՀՀ պետական եկամուտների նախարարությունը վերակազմավորման ձևով վերակազմակերպվեց ՀՀ կառավարությանն առընթեր հարկային պետական ծառայության (2002թ. նոյեմբերի 13-ի թիվ ՆՀ-1202-Ն հրամանագիր) և ծառայության պետ նշանակվեց Երվանդ Վազգենի Զախարյանը (ՀՀ Նախագահի 2002թ. նոյեմբերի 13-ի թիվ ՆՀ-1204-Ա հրամանագիրը):

ՀՀ նախագահի հրամանագրերով՝ Հայաստանի Հանրապետության կառավարությանն առընթեր մաքսային պետական կոմիտեն և Հայաստանի Հանրապետության կառավարությանն առընթեր հարկային պետական ծառայությունը միաձուլման ձևով վերակազմակերպվեցին Հայաստանի Հանրապետության կառավարությանն առընթեր պետական եկամուտների կոմիտեի (2008թ. օգոստոսի 20-ի ՆՀ-226-Ն հրամանագիր) և ՀՀ ԿԱ պետական եկամուտների կոմիտեի նախագահ նշանակվեց Գագիկ Խաչատրյանը (2008թ. օգոստոսի 20-ի ՆՀ-228-Ա հրամանագիր):

2014թ. մայիսի 8-ին «Հայաստանի Հանրապետության ֆինանսների նախարարության աշխատակազմ» պետական կառավարչական հիմնարկը և «Հայաստանի Հանրապետության կառավարությանն առընթեր պետական եկամուտների կոմիտեի աշխատակազմ» պետական կառավարչական հիմնարկը միաձուլման ձևով վերակազմակերպվեցին՝ ստեղծելով «Հայաստանի Հանրապետության ֆինանսների նախարարության աշխատակազմ» պետական կառավարչական հիմնարկ: Հայաստանի Հանրապետության ֆինանսների նախարար նշանակվեց Գագիկ Խաչատրյանը:

Հայաստանի Հանրապետության Նախագահի 2016թ. մարտի 1-ի ՆՀ-213–Ն հրամանագրով Հայաստանի Հանրապետության ՀՀ ֆինանսների նախարարությունը վերակազմակերպվեց` դրանից առանձնացնելով Հայաստանի Հանրապետության կառավարությանն առընթեր պետական եկամուտների կոմիտեն:

Հանրապետության Նախագահի 2016թ. մարտի 3-ի ՆՀ-216-Ա հրամանագրով Հովհաննես Հովսեփյանը նշանակվեց ՀՀ կառավարությանն առընթեր պետական եկամուտների կոմիտեի նախագահ:

Հանրապետության Նախագահի 2016թ. հոկտեմբերի 8-ի ՆՀ-1094-Ա հրամանագրով Վարդան Հարությունյանը նշանակվել է ՀՀ կառավարությանն առընթեր պետական եկամուտների կոմիտեի նախագահ:

«Պետական կառավարման համակարգի մարմինների մասին» 2018 թվականի մարտի 23-ի ՀՕ-260-Ն օրենքի համաձայն Հայաստանի Հանրապետության կառավարությանն առընթեր պետական եկամուտների կոմիտեն 2018 թվականի ապրիլի 9-ից գործում է որպես Պետական եկամուտների կոմիտե: 

ՀՀ կառավարության 2018թ. մայիսի 17-ի թիվ 563-Ա որոշմամբ Դավիթ Անանյանը նշանակվել է Պետական եկամուտների կոմիտեի նախագահ:

ՀՀ կառավարության 2020թ. հունիսի 5-ի թիվ 903-Ա որոշմամբ Էդվարդ Հովհաննիսյանը նշանակվել է ՀՀ պետական եկամուտների կոմիտեի նախագահ։

ՀՀ կառավարության 2021 թվականի օգոստոսի 3-ի թիվ 1254-Ա որոշմամբ Ռուստամ Բադասյանը նշանակվել է ՀՀ պետական եկամուտների կոմիտեի նախագահ: